Z kloaky nosnic se produkují vejce, na povrchu jsou uchyceny střevní mikroorganismy a ve znečištěném prostředí je infikováno velké množství patogenních bakterií. Průzkumy odběru vzorků ukázaly, že 10 procent vajec neslo salmonelu na povrchu a 64 procent E. coli na povrchu vajec vážně překročilo normu.
Mikroorganismy a patogenní bakterie na povrchu vajíčka proniknou do vajíčka nesčetnými póry ve skořápce a množí se ve velkém množství, čímž vážně ovlivní kvalitu vajíčka a poškodí jedlíka. Jediným způsobem, jak zabránit kontaminaci vajec, je rychlé čištění a dezinfekce po vyrobení vajec, zabíjení škodlivých bakterií, odstranění jejich kontaminantů a úplné odstranění různých choroboplodných zárodků a škodlivých látek, které jsou v procesu výroby drůbeže nevyhnutelné.
